دستگاه منسجم فلسفه ملاصدرا کاملاً هویت فلسفی دارد و بر استدلال و منطق استوار است؛ نه اینکه وحیانی و شهودی باشد (رد گزینه‌های ۲ و ۴). اما با این حال، از شهود و اشراق نیز بهره‌مند است و با معرفت وحیانی پیوندی مستحکم دارد و با آن سازگار است. ملاصدرا می‌گوید: «عقل و دین در همه احکام خود با هم تطبيق دارند و حاشا که احکام شریعت انور با معارف یقینی و ضروری عقلی تعارض داشته باشد و افسوس به حال فلسفه‌ای که قوانین آن مطابق با کتاب و سنت نباشد». این جمله نشان می‌دهد عقل و دین هریک جدا از دیگری احکام یقینی و ضروری دارند که مطابق هم هستند. پس فلسفۀ صدرایی شامل احکام ضروری که عقل مستقل از شرع صادر می‌کند، است ولی این احکام با شریعت تعارضی ندارند. گزينۀ 3: ملاصدرا هر دو ابزار حس و عقل را معتبر می‌دانست ولی مانند همۀ فیلسوفان اسلامی، ارزش معرفت‌های عقلی را بیشتر از معرفت‌های حسی می‌دانست. او پایه بحث‌های علمی و فلسفی خود را روی پیوند میان عقل و کشف (شهود) و شرع (وحی و سنت) گذاشت ولی روی معرفت‌های حسی تأكیدی نداشت.