می‌توان با انجام تغییرات دلخواه در ساختار پروتئین، ویژگی‌های آن را بهبود داد. انجام چنین تغییراتی روی پروتئین که به آن مهندسی پروتئین گفته می‌شود، نیازمند شناخت کامل از ساختار و عملکرد آن پروتئین است. با توجه به اینکه بسیاری از فرآیندهای صنعتی در دماهای بالا انجام می‌شود، بنا به راین استفاده از آنزیم‌های مقاوم‌به‌گرما ضرورت دارد.

بررسی سایر گزینه‌ها:

گزینه 1: وقتی پروتئین اینترفرون طبیعی به روش مهندسی ژنتیک در باکتری تولید شود (بدون اینکه تغییری در توالی آمینواسیدی آن ایجاد شود)، فعالیت بسیار کمتری نشان می‌دهد. این کاهش فعالیت به دلیل تشکیل نوعی پیوند نادرست هنگام ساخته‌شدن در باکتری است. به کمک مهندسی پروتئین می‌توان یکی از آمینواسیدهای اینترفرون را طوری تغییر داد تا مانع از تشکیل این پیوند نامناسب شد.

گزینه 2: پلاسمین کاربرد درمانی دارد، اما مدت اثر آن در پلاسما خیلی کوتاه است. به کمک مهندسی پروتئین می‌توان در توالی پلاسمین، یک آمینواسید را با آمینواسید دیگر جانشین کرد تا مدت‌زمان فعالیت پلاسمایی و اثرات درمانی آن افزایش یابد.

گزینه 4: گاهی در مهندسی پروتئین به‌منظور افزایش مقاومت دمایی یک پروتئین، توالی آمینواسیدی را طوری تغییر می‌دهند که نوعی پیوند در ساختار آن تشکیل شود.