می‌توان با انجام تغییرات دلخواه در ساختار پروتئین، ویژگی‌های آن را بهبود داد. انجام چنین تغییراتی روی پروتئین که به آن مهندسی پروتئین گفته می‌شود، بدون شناخت کامل از ساختار و عملکرد پروتئین، نمی‌توان خصوصیات آن را تغییر داد.

بررسی سایر گزینه‌ها:

گزینه‌های 1 و 2: در فرآیندهای مهندسی پروتئین تغییرات روی پروتئین می‌تواند جزئی یا کلی باشد. تغییرات جزئی در حد یک یا چند آمینواسید در مقایسه با پروتئین طبیعی است. تغییرات عمده، گسترده‌تر است و می‌تواند شامل برداشتن قسمتی از ژن پروتئین تا ترکیب بخش‌هایی از ژن‌های مربوط به پروتئین‌های متفاوت باشد.

گزینه 3: از تغییرات و اصلاحات مفید در فرآیند مهندسی پروتئین می‌توان به افزایش پایداری پروتئین در مقابل گرما و تغییرات pH، افزایش حداکثری سرعت واکنش و تمایل آنزیم برای اتصال به‌پیش ماده اشاره کرد.