در مرحلۀ جداسازی یاخته‌های تراژنی، در شرایط مناسب، باکتری‌های تراژنی با سرعت بالایی تکثیر می‌شوند. همچنین از دناهای نوترکیب نیز به صورت مستقل از فام‌تنِ اصلی یاخته، نسخه‌های متعددی ساخته می‌شود که درنتیجۀ آن دنای خارجی به سرعت تکثیر می‌شود. بنابراین، تعداد زیادی باکتری دارای دنای خارجی آماده خواهد شد که می‌توان از آنها برای تولید فراورده‌ یا استخراج ژن استفاده کرد. در طی ایجاد نسخه‌های متعدد از دنای نوترکیب (همانندسازی آن) ، پیوندهای هیدروژنی میان نوکلئوتیدهای جایگاه شروع همانندسازی آن شکسته می‌شود. در این مرحله، باکتری‌های فاقد دنای نوترکیب، فاقد توانایی تبدیل پادزیست به موادی غیر کشنده هستند، بنابراین نسبت به پادزیست‌ها حساس بوده و در محیط حاوی پادزیست از بین می‌رود. 

بررسی سایر گزینه‌ها:

گزینۀ «1» : انتهای چسبنده، انتهایی از مولکول دنا است که یک رشتۀ آن بلندتر از رشتۀ مقابل است. این توالی در اثر فعالیت آنزیم برش‌دهنده ایجاد می‌شود که ما فعالیت این آنزیم را طبق تعریف کتاب درسی تنها در مراحل اول و دوم مهندسی ژنتیک (یعنی جداسازی قطعه‌ای از دنا و اتصال قطعۀ دنا به ناقل و تشکیل دنای نوترکیب) مشاهده می‌کنیم. این درحالی است که جداسازی یاخته‌های تراژنی آخرین مرحلۀ مهندسی ژنتیک است.

گزینۀ «2» : در سومین مرحلۀ مهندسی ژنتیک یعنی وارد کردن دنای نوترکیب به یاختۀ میزبان، با کمک شوک حرارتی به همراه مواد شیمیایی، منافذی در دیواره باکتری ایجاد می‌شود. در این مرحله، همانندسازی انبوه دنای نوترکیب و در نتیجه شکسته شدن پیوند‌های هیدروژنی میان نوکلئوتیدهای جایگاه شروع همانندسازی رخ نمی‌دهد.

گزینۀ «4» : در دومین مرحلۀ مهندسی ژنتیک یعنی اتصال قطعۀ دنا به ناقل و تشکیل دنای نوترکیب، میان نوکلئوتیدهای آدنین‌دار و گوانین‌دار انتهاهای چسبنده به کمک آنزیم لیگاز، پیوند فسفودی‌استر تشکیل می‌شود. همان‌طور که گفته شد در این مرحله همانندسازی دنای نوترکیب رخ نمی‌دهد.