باکتری‌های آمونیاک‌ساز در پی تجزیه‌ی مواد آلی خاک، آمونیوم می‌سازند، بنابراین حذف این باکتری‌ها تولید آمونیوم حاصل از تجزیه‌ی مواد آلی را متوقف می‌کند. با کاهش آمونیوم ممکن است مقدار فعالیت زیستی باکتری‌های نیترا‌ت‌ساز در خاک کاهش یابد، چون این باکتری‌ها بخشی از آمونیوم مورد نیاز برای ساخت نیترات را از حاصل فعالیت باکتری‌های آمونیاک‌ساز دریافت می‌کنند. در صورت نبود باکتری‌های آمونیاک‌ساز، مقدار یون آمونیوم درون خاک کاهش می‌یابد، بنابراین به دنبال نیاز گیاه به یون آمونیوم، استفادهاز آمونیوم متصل به یون‌های منفی اسیدی بخش آلی خاک و کاهش آن در بخش آلی خاک وجود دارد.

بررسی سایر گزینه‌ها:

1‏) حذف باکتری‌های نیترات‌ساز باعث کاهش نیترات اطراف ریشه می‌شود. با کاهش نیترات خاک، میزان جذب نیتروژن گیاه کاهش یافته و ساخت پروتئین‌ها و مولکول‌های وراثتی نیز کاهش می‌یابد، زیرا نیتروژن از عناصر موجود در ساختار این مولکول‌هاست، اما نبود باکتری‌های نیترات‌ساز ربطی به مقدار فعالیت باکتری‌های تجزیه‌کننده‌ی مواد‌ آلی ندارد. باکتری‌های تجزیه‌کننده‌ی مواد آلی (باکتری‌های آمونیاک‌ساز) بدون وابستگی به فعالیت گیاهان، فعالیت تجزیه‌ای خود را انجام می‌دهند.

2‏) حذف باکتری‌های تثبیت‌کننده‌ی نیتروژن باعث کاهش آمونیوم تولیدشده در پی استفاده از شکل مولکولی نیتروژن (N2) می‌شود. با حذف این باکتری‌ها تولید نیترات (شکل یونی و اکسیژن‌دار نیتروژن) متوقف نمی‌شود، زیرا باکتری‌های آمونیاک‌ساز، آمونیوم تولید کرده و این آمونیوم توسط باکتری‌های نیترات‌ساز به نیترات تبدیل می‌شود. با حذف این باکتری‌ها میزان آمونیاک خاک کاهش می‌یابد.

4‏) حذف باکتری‌های نیترات‌ساز باعث توقف تولید آمونیوم در ریشه‌ی گیاهان نهان‌دانه می‌شود، زیرا ریشه‌ی این گیاهان نیترات را به آمونیوم تبدیل می‌کند، اما انتقال آمونیوم از ریشه‌ی گیاه به برگ متوقف نمی‌شود، زیرا ریشه‌ی گیاهان می‌توانند مستقیماً آمونیوم موجود در خاک را جذب نموده و از ریشه به برگ انتقال دهند.

دقت کنید: با وجود حذف باکتری‌های نیترا‌ت‌ساز انتقال آمونیوم به برگ‌ها متوقف نمی‌شود، اما بر اثر حذف این باکتری‌ها قطعاً میزان آمونیوم خاک افزایش پیدا می‌کند، زیرا باکتری‌های آمونیاک‌ساز و باکتری‌های تثبیت‌کننده‌ی نیتروژن آمونیوم می‌سازند، ولی این آمونیوم به نیترات تبدیل نمی‌شود.