بررسی گزینه‌ها:

1) همه جاندارانی که از آن‌ها فسیل باقی مانده است منقرض شده‌اند.
این گزاره نادرست است، چون از برخی جاندارانی که هنوز هم زنده‌اند (مانند بعضی ماهی‌ها و گیاهان)، فسیل یافت شده است. بنابراین یافته‌های فسیلی این گزینه را تأیید نمی‌کنند.

2) فسیل‌ها تنها در مناطقی که زمانی در آنجا آب وجود داشته است، یافت می‌شوند.
این جمله هم نادرست است. اگرچه وجود آب به فسیل‌شدن کمک می‌کند، اما فسیل‌ها فقط محدود به چنین مناطقی نیستند. پس این گزینه نیز تأیید نمی‌شود.

3) بعضی از جاندارانی که از آن‌ها فسیل باقی مانده است منقرض شده‌اند.
این گزاره با شواهد فسیلی کاملاً سازگار است؛ یافته‌های فسیلی نشان می‌دهد برخی جانداران گذشته منقرض شده‌اند و برخی دیگر هنوز وجود دارند. بنابراین این گزینه تأیید می‌شود.

4) فسیل‌های یافت شده تنها مربوط به جاندارانی هستند که بدن آن‌ها دارای قسمت‌های سخت بوده است.
این جمله به‌صورت مطلق نادرست است، زیرا علاوه بر بخش‌های سخت بدن، فسیل‌هایی از بخش‌های نرم یا آثار فعالیت‌های زیستی (مانند ردپا) نیز یافت شده است. پس این گزینه نیز تأیید نمی‌شود.

جمع‌بندی نهایی:
پاسخ صحیح گزینه 3 است.