در مرحله‌ی جداسازی ياخته‌های تراژنی از ساير ياخته‌ها از آنزيم رنابسپاراز استفاده می‌شود. در اين مرحله می‌توان از پادزيست و ژن مقاومت به آن در ديسك استفاده نمود. اگر در محيط كشت باكتری‌ها، پادزيست قرار بگيرد، باكتری‌هايی كه تراژنی هستند و دنای نوتركيب را دريافت كرده اند می‌توانند رشد كنند، اما ساير باكتری‌ها تحت تأثير پادزيست از بين می‌روند. توجه داشته باشيد در اين حالت باكتری تراژنی به‌كمك رنابسپاراز از روی ژن مقاومت نسبت به پادزيست رونويسی كرده و نهايتاً پروتئينی می‌سازد كه موجب بروز مقاومت می‌شود.

علت نادرستی ساير گزينه‌ها:

گزينه‌ی ۱: در مراحل جداسازی قطعه‌ای از دنا و تشكيل دنای نوتركيب از آنزيم برش‌دهنده استفاده می‌شود. توجه كنيد در اين مراحل، آنزيم برش‌دهنده در هر جايگاه تشخيص خود دو انتهای چسبنده ايجاد می‌كند. مثلاً به هنگام جدا كردن قطعه‌ای از دنا، دو جايگاه تشخيص برش می‌خورد و در نتيجه چهار انتهای چسبنده ايجاد می‌شود.

گزينه‌ی ۲: در آخرين مرحله‌ی مهندسی ژنتيك، اگر شرايط مناسب باشد، تعداد باكتری‌ها و ژن‌های خارجی به‌كمك همانندسازی ( آنزيم هليكاز و دنابسپاراز ) افزايش پيدا می‌كند.

درحالی كه منفذدار شدن ديواره‌ی باكتری در مرحله‌ی وارد كردن دنای نوتركيب به باكتری رخ داده است.

گزينه‌ی ۴: در مرحله‌ی تشكيل دنای نوتركيب از آنزيم ليگاز استفاده می‌شود. در اين مرحله معمولاً آنزيم ليگاز برای اتصال هر ژن خارجی چهار پيوند فسفو دی‌استر تشكيل می‌دهد. توجه داشته باشيد اگر آنزيم برش‌دهنده از نوع $EcoR1$ باشد، پيوند فسفو دی‌استر بين نوكلئوتيد آدنين‌دار و گوانين‌دار برقرار می‌شود. اما در صورت استفاده از ساير آنزيم‌های برش‌دهنده اين اتفاق لزوماً رخ نمی‌دهد.