لیگ علمی پایا در قالب گروه های 5 نفره در مقطع متوسطه اول پایه نهم به صورت ترکیب علوم پایه و ریاضی برگزار می‌گردد. این مرحله شامل پیش آزمون، سوالات عمومی و سؤالات اختصاصی است. در قسمت اول آزمون هر کدام از اعضای گروه باید برگ پیش آزمون مربوط به خود را از دفترچه جدا نموده و به صورت انفرادی مطلب آموزشی (پیش آزمون) خود را در مدت زمان 15 دقیقه مطالعه نماید و به خاطر بسپارند. قسمت دوم آزمون شامل 15 سوال تستی 5 گزینه‌ای از مطالب کتاب‌های درسی و منابع معرفی شده است که دانش آموزان به صورت گروهی به آنها پاسخ می‌دهند. بخش سوم آزمون، شامل پاسخ‌گویی به 10 سوال تستی 5 گزینه‌ای است که همه‌ی اعضای گروه به کمک هم و با استناد به مطالب آموزشی به آنها پاسخ می‌دهند.